Las personas que tienen solamente un pequeño cambio en el gen no presentan síntomas. Las personas con cambios mayores pueden tener síntomas severos.
Los síntomas son trastornos del lenguaje, conducta y aprendizaje. Aparece un importante trastorno de atención, dificultades en el área de las matemáticas, y buena memoria a largo plazo. Las características más habituales son la hiperactividad, timidez extrema, y evitación del contacto ocular, con frecuentes estereotipias y agresividad en algunos casos.
Los varones presentan, en mayor o menor medida, signos físicos cara alargada, grandes orejas, mandíbula prominente y macroorquidismo a partir de la pubertad. También pueden aparecer anormalidades en el tejido conectivo, otitis de repetición en la infancia y prolapso de la válvula mitral en la pubertad. Las manifestaciones neurológicas son igualmente múltiples, como retraso mental, autismo y crisis epilépticas.
En las mujeres la clínica prevalente no es el retraso mental, pero tienen trastornos del lenguaje, trastornos en lectura y escritura, déficit de atención y trastornos emocionales.
Los adultos portadores de la premutación pueden presentar desórdenes neurológicos: Síndrome de Temblor Ataxia asociado al síndrome X Frágil (FXTAS), con temblor progresivo, ataxia y demencia, que se incrementa con la edad.
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