La mayor parte de las infecciones por el virus de la encefalitis japonesa son leves (fiebre y cefalea) o asintomáticas.
El periodo de incubación suele ser de cuatro a catorce días.
En los niños, los síntomas dominantes iniciales suelen ser dolor gastrointestinal y vómitos. Los casos de enfermedad grave se caracterizan por la repentina aparición de fiebre elevada, cefalea, rigidez de nuca, desorientación, coma, ataques epilépticos y parálisis espástica.
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